Im Keller des Musenflügels befindet sich das sogenannte Naturalien-Cabinet. Dieses ist in vier Teilbereiche gegliedert.

Zum ersten findet sich hier eine umfangreiche mineralogische Sammlung, die nicht nur die - überschaubare - Bodenkunde des Fürstentums darstellt, sondern auch Anschauungsstücke aus vielen Teilen des Multiversums beinhaltet. Zum zweiten umfasst das Naturalien-Cabinet die Sammlung "Fauna et Flora". Hier werden Präparate von Pflanzen und Tieren Millefleurs und ausgewählte exotische Exemplare gezeigt. Drittens gibt es eine umfangreiche Sammlung millefleurscher Bodenfunde aus dem Bereich der millefleurschen Ur- und Frühgeschichte und viertens die Sammlung "Varia".